Некодирующий мутационный ландшафт рака поджелудочной железы выявляет повторяющиеся соматические мутации в энхансерных областях

Несмотря на то, что кодирующий геном рака поджелудочной железы был подробно изучен, особенности некодирующего генома остаются относительно неизученными. Было использовано полногеномное секвенирование для изучения кодирующего и некодирующего геномов (промоторов, энхансеров и некодирующих регуляторных областей) в двух уникальных группах пациентов. Обнаружено, что у пациентов, получавших лечение, мутационная нагрузка во всех четырёх областях генома значительно выше, чем у пациентов, не получавших лечения. Однако относительная доля мутаций в каждой области сохраняется, несмотря на генетические ограничения, вызванные лечением. По сравнению с другими некодирующими областями, в энхансерах содержится меньше мутаций на мегабаз. Энхансеры также имеют особую мутационную сигнатуру с преобладанием SBS39. Последовательности энхансеров были разделены на консервативные и неконсервативные области на основе перекрытия предсказанных ортологичных областей в геномах человека и мыши, а консервативные области были проверены на наличие повторяющихся соматических мутаций. Интересно, что повторяющиеся соматические мутации в консервативных областях энхансеров в основном связаны с известными факторами транскрипции, играющими роль в развитии поджелудочной железы и раке, включая KLF5 и TP63. Транскрипционная экспрессия, основанная на данных секвенирования РНК при раке с мутациями в энхансерах, показала значительно отличающиеся уровни экспрессии, чаще всего потерю экспрессии, по сравнению с раком без мутаций в энхансерах, что указывает на функциональный эффект. Эти результаты дополняют знания о некодирующем геноме при раке поджелудочной железы и указывают на неизученную роль консервативных мутаций в энхансерах при раке поджелудочной железы.
Источники
  1. doi.org
Все новости